首先，国有土地上的棚户区改造程序是要根据《国有土地上房屋征收与补偿条例》有关规定的房屋的征收要符合公共利益的需要，棚户区改造的启动程序和先决条件就是四规划一计划，同时，基于《国有土地上房屋征收与补偿条例》有关规定，制定征收补偿方案和及时公布，并及时修改补偿方案，征收依据的范围内的听取被征收人的意见并组织听证。
其次，进行社会发展稳定市场风险管理评估后，市、县级行政机关作出征收决定。涉及人数较多的根据《国有土地上房屋征收与补偿条例》有关规定，应当经行政机关常务会议讨论决定。这是作出房屋征收决定的决策分析程序，当然同时也是一种法定程序。
最后，要在征收范围内进行公告，选择评估机构等。对于集体土地征收的基本程序，房屋征收程序审批阶段，市，县国土资源局颁发的提议征地公告，并与村集体经济组织和农户，开展地籍调查和地上附着物的登记并且拟定“一书四方案”组卷上报审批等。棚户区改造原本是一项民心工程，但在现实生活中，有一些拆迁当事人在拆迁过程中没有按照法律规定的程序，滥用职权，损害被拆迁人的利益，导致国家出台的各项政策的效果大大降低。 因此，如果在棚户区改造过程中被拆迁人遇到一些拆迁方有违法行为时，必须敢于用法律武器保护自己的合法利益，从而有效地保护自己的切身利益。
